Project 1
Identifizierung und Pathogenomik seltener und bisher kaum untersuchter humanpathogener Bakterien
In der Routinediagnostik finden sich immer wieder bakterielle Spezies, über deren Bedeutung als humanpathogene Erreger bisher noch sehr wenig bekannt ist. Beispiele hierfür sind Myroides spp., Elizabethkingia spp. oder Roseomonas spp. Durch diese Informationslücken ist es für den klinisch tätigen Arzt sehr schwer, eine Abschätzung der klinischen Relevanz aber auch der Therapie zu treffen. Das Ziel dieses Projekts ist es daher, diese Wissenslücken in einem systematischen Ansatz zu schließen. Zunächst wird anhand einer ausgewählten Kollektion von Isolaten ein Vergleich verschiedener Identifikationsverfahren aus der klinischen Routine durchgeführt. Als Referenzmethode wird hierfür die „digitale DNA-DNA Hybridisierung“ verwendet. Ferner werden phänotypische Resistenzdaten erhoben und durch in silico Analysen untersucht, ob es ein genetisches Korrelat dafür gibt. Darüber hinaus werden ebenfalls über in silico Analysen Virulenzfaktoren identifiziert und beschrieben. Dieses Projekt wird in enger Kooperation mit dem Leibnitz Institut DSMZ Deutsche Stammsammlung für Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH in Braunschweig bearbeitet. Ein weiterer Projektpartbner ist Bruker Daltonik GmbH (Bremen). Darüber hinaus besteht eine Kooperation mit der AG von jun. Prof. Dr. Hani Harb für die infektionsimmunologische Charakterisierung einzelner ausgewählter Spezies wie Roseomonas mucosa, Chryseobacterium indolognes, Wohlfarthiimonas chitiniclastica oder Kerstersia gyiourum.
Identification and pathogenomics of rare and previously under-investigated human pathogenic bacteria
In routine diagnostics, bacterial species are repeatedly found whose significance as human pathogens is still poorly understood. Examples include Myroides spp., Elizabethkingia spp. or Roseomonas spp. These gaps in our knowledge make it very difficult for clinicians to assess the clinical relevance and treatment of these bacteria. The aim of this project is therefore to take a systematic approach to closing these gaps in our knowledge. Initially, a comparison of different identification methods used in clinical routine will be carried out on the basis of a selected collection of isolates. Digital DNA-DNA hybridisation is used as the reference method. Furthermore, phenotypic resistance data will be carried out as well as in silico analyses to detect resistance genes. In addition, virulence factors will be identified using an in silico approach. This project is being carried out in close cooperation with the Leibnitz Institute DSMZ – German Collection of Microorganisms and Cell Cultures in Braunschweig. Bruker Daltonik GmbH (Bremen) is another project partner. In addition, there is a collaboration with the research group of Jun. Prof. Dr. Hani Harb for the infection immunological characterisation of selected individual species such as Roseomonas mucosa, Chryseobacterium indolognes, Wohlfarthiimonas chitiniclastica or Kerstersia gyiourum.
Bigge R, Bunk B, Rudolph WW, Gunzer F, Coldewey SM, Riedel T, et al. Comparative Study of Different Diagnostic Routine Methods for the Identification of Acinetobacter radioresistens. Microorganisms. 2022;10(9); doi: 10.3390/microorganisms10091767.
Kopf A, Bunk B, Coldewey SM, Gunzer F, Riedel T, Schrottner P. Identification and Antibiotic Profiling of Wohlfahrtiimonas chitiniclastica, an Underestimated Human Pathogen. Front Microbiol. 2021;12:712775; doi: 10.3389/fmicb.2021.712775.
Kopf A, Bunk B, Coldewey SM, Gunzer F, Riedel T, Schrottner P. Comparative Genomic Analysis of the Human Pathogen Wohlfahrtiimonas Chitiniclastica Provides Insight Into the Identification of Antimicrobial Resistance Genotypes and Potential Virulence Traits. Front Cell Infect Microbiol. 2022;12:912427; doi: 10.3389/fcimb.2022.912427.
Gunzer F, Rudolph WW, Bunk B, Schober I, Peters S, Muller T, et al. Whole-genome sequencing of a large collection of Myroides odoratimimus and Myroides odoratus isolates and antimicrobial susceptibility studies. Emerg Microbes Infect. 2018;7(1):61; doi: 10.1038/s41426-018-0061-x.
Rudolph WW, Gunzer F, Trauth M, Bunk B, Bigge R, Schrottner P. Comparison of VITEK 2, MALDI-TOF MS, 16S rRNA gene sequencing, and whole-genome sequencing for identification of Roseomonas mucosa. Microb Pathog. 2019;134:103576; doi: 10.1016/j.micpath.2019.103576.