המחלקה של המרפאה הרפואית III מספקת שירותים לחולים פנימיים וחיצוניים.
מלבד זאת,מייעצת ומממשת שירותים למרפאות השונות באוניברסיטה.
קיימים מספר רופאים הדוברים שפות שונות.

חולים הסובלים מבעיות במערכת ההפרשה הפנימית (מחלות של בלוטת התריס ; יותרת בלוטת התריס ; יותרת המוח ; יותרת הכליה ; אינסולינומה),עם סוכרת )סוג 1 ו-2) או פתולוגיות בליפיד חילוף החומרים (יתר כולסטרול בדם ; יתר טריגליצרידים בדם ; ליפופרוטאין (א)) נבדקים ומטופלים כחולים חיצוניים.
באופן תדיר, החולים מופנים לבית החולים האוניברסיטאי על פי המלצת רופא,כדוגמת רופא המשפחה.
מרפאת מומחים דואגת  לחולים סוכרתיים במשאבת אינסולין.
קיימות אפשרויות טיפול בנשים בהריון הסובלות מסוכרת,בד בבד בחולים בעלי תסמונת סוכרת כף הרגל.
אחת משתי המחלקות מתמחה בטיפול בתסמונת סוכרת כף הרגל ובחולים במשאבת אינסולין.
המחלקה הנוספת דואגת,בעיקר,לתוכנית טיפול ייחודית באינסולין לחולים שאובחנו לראשונה כחולי סוכרת וחולים פתולוגיים בליפיד חילוף החומרים קשיי טיפול.
בנוסף,חולים באנדוקרינופאטיס נבדקים בבדיקות מיוחדות ומטופלים בהתאם.
בדיקות הכרחיות טרם ביצוע ניתוח נעשות,לדוגמא,בחולים עם גידולים ביותרת המוח;גידול של יותרת בלוטת התריס ;הלבלב או ביותרת הכליה.
בתחום זה קיים טיפול אפשרי שנקרא "ליפידאפרסיס".באינדיקציה לכך,קיים קושי לסדר הפרעת ליפומטאבוליק,שאינה יכולה להסתדר עם דיאטה ותרופות במידה מספקת.
זהו במיוחד המקרה, במידה וקיימות מחלות לב כליליות בדו קיום.

במחלקה זו חולים החולים ביתר לחץ דם עם מחלות הגורמות לאי תפקוד כלייתי ; חולים בהפרעות של האלקטרוליטים וחולים עם דלקת בדרכי השתן מטופלים.יתרה מזאת,חולים בעלי חסר מוגבר של פרוטאינים בשתן ; עם תאי דם אדומים בשתן וחולים עם השתלת כליות מטופלים אף הם.
המרפאה עבור חולים חיצוניים להשתלת כליות מהווה חלק גדול מהמרפאה הנפרולוגית לחולים חיצוניים.חולים שיזדקקו להשתלת כליה בעתיד נבדקים וערוכים להשתלה במרפאה זו.
המבדקים נעשים עבור האבחנות ,ההחלטות והמשך טיפול.
במחלקה מטפלים בסיבוכים או קשיים בתהליך האבחנה.לדוגמא,ביופסיית הכליה ובדיקות כלי דם הכליה (ארטריוגרפית כליה).
מחלות כליה שונות חייבות בטיפול בעירוי ורידי  וסוגי אנטיביוטיקה שונים,כימותרפיה,נוגדנים או תוצרי דם.
הטיפול יכול להתבצע בחולים מושתלי כליה ; בחולים המטופלים בדיכוי מערכת החיסון או גם בחולים עם מחלות כליה שונות בשיקומם במחלקה הפנימית.
 סיבוכים יכולים להתרחש(  לדוגמא : זיהום עם מניע נדיר,חום מסיבה לא ידועה,התדרדרות פעולת הכליות)ומחוייבים בטיפול כחולי פנים.
לעיתים, טיפול בבעית לחץ דם עורקית חמורה מחייב אשפוז ונטילת תרופות חזקות להורדת לחץ הדם.
הכנות להמודיאליזה חיוניות במקרה של אי-ספיקת כליות ; במקרה זה, החולה מוכנס,בדרך כלל, למחלקה הנפרולוגית.במידה ובמקום המודיאליזה יש צורך בדיאליזה בחלל הבטן,אזי שיבוץ הצנתר הפריטונאלי וההדרכה הבסיסית לדיאליזה מתבצעים בהתאחדות והמחלקה הנפרולוגית.
הטיפול בדיאליזה נמשך במרכז ההמודיאליזה כל עוד החולה נמצא במחלקה.לאחר שהחולה מוצא מן המחלקה וקיים צורך חיוני בהמשך טיפול החולה יסווג כחולה חיצוני וטיפולו יתבצע בה.
מקרים אחרים המקיימים צורך בטיפול הכרחי הם דלקת כליה ואגן הכליה ; הצרות של עורקי הכליה ; פקקת של ורידי הכליה ; דימום בקופסית הכליה ; הפרעה בתיפקוד הכליה במוסף ריאתי ומחלת מפרקים ; התייבשות חמורה,וכן הפרעה בהתקדמות אלקטרוליטים כמו אשלגן (כמות הנמוכה או הגבוהה יתר על המידה מן המקובל),סידן (כמות הנמוכה או הגבוהה באופן משמעותי ביותר מן המקובל),נתרן,מגנזיום ופוספאט (זרחה).

המרכז לאנגיולוגיה מאבחן ומטפל בחולים בעלי הפרעה במחזורי העורק או הוריד של הזרועות והרגליים.
השיטות החדשות של האבחנות (אולטראסאונד,אנגיוגרפיה) קיימות וזמינות.יתרה מכך,מרכז זה עוסק באבחנה וטיפול במפרצת אב-העורקים, בהצרות עורקי הכליה ובהפרעה בהתקרשות אשד.
במידת הצורך,מתן שירות לחולה במחלקה אפשרי,תוך שיתוף פעולה המתנהל עם מנתח.

קיימת אפשרות  אבחנה וטיפול במחלות המשתייכות לתחום השיגרון לחולים חיצוניים ופנימיים כאחד.
שיטות הטיפול הממומשות הן המבוססות והחדישות ביותר.

המחלקה הגריאטרית היא בין תחומית,כאשר רופאים פנימיים,רופאי עצבים (נוירולוגים) ופסיכיאטרים עובדים יחד.
המחלקה מהווה מרכז לחולים הסובלים מבעיות בריאותיות רבות,שבעברם תיפקדו באופן עצמאי יחסית ומצבם התדרדר לרעה מבעיות קשות חדשות שנוצרו,או שבעיותיהם  הקיימות החמירו משמעותית ומחויבות טיפול.
בהתאם לתרשים המחלקה- בעיות פנימיות,נוירולוגיות ופסיכיאטריות שונות ייתכנו, שמפאתן מגיעים החולים.
באופן תדיר החולים מופנים אל המחלקה ממחלקות אחרות הנמצאות בבית החולים האוניברסיטאי.
לעיתים,הרופא העובד במרפאה הקהילתית המעוניין להפנות חולים נועץ עימנו.
לשמונה-עשרה המיטות הפנויות בעת זו במחלקה אנו מכניסים,לרב,חולים עם בעיות פסיכיאטריות ונוירולוגיות ומספר קטן יותר של חולים עם בעיות פנימיות,מכיוון שכמעט כל החולים הנמצאים בגיל היציאה לגמלאות סובלים,בדרך כלל,מבעיות רפואיות פנימיות.מחלקה זו שייכת לאגף הרפואה הפנימית.

בשביל חדר המיון קיימים שישה מקומות טיפול מודרניים ומצויידים,שיכולים להיות תצפית מרכזית.
לטיפול בחולים במצב חמור קיימות כל אפשרויות האבחנה והטיפול.
כל תחומי המחקר והידע הרפואיים נכנסים לייעוץ.
המוקד העקרי הינו תשומת הלב לחולים אשר הובאו על ידי שירותי חירום רפואיים או לחולים אשר הועברו מבתי חולים אחרים.
לעיתים נדירות,החולים מציגים עצמם כבעלי תסמינים במידה ורופא המשפחה או שירות אחר ללקוח אינו זמין.
חולים אשר אינם זקוקים לטיפול חולה יכולים להבדק בידי  "רופאי קופת-חולים זמינים"                                                    -שירות המחליף רופאי משפחה בסופי שבוע או בחופשות, וממוקם אף הוא בקריית בית החולים האוניברסיטאי.

במחקר ישנם איזורי המשך :  מיקרו-מחזור הדם ,
                                       דיאבטולוגיה (סוכרת) נסיונית ,
                                       פאטוביוכימיה ,
                                       מולקולת אנדוקרינולוגיה ודיאבטולוגיה (סוכרת).